gulp-autoprefixerなど使う時、Emmetの自動でベンダープレフィックスを付与する機能は余計なお世話だったりします。そのためにEmmetの設定を変更する必要があります。

手順としてはEmmetのスニペット変更と同じような手順で設定できます。

1.Emmetの設定ファイルを入れるフォルダを作る

既にスニペットの編集などで設定フォルダを作っている場合は、そのフォルダで大丈夫です。作っていない場合は適当な（フォルダまでのパスが分かる）場所にEmmetの設定ファイルを入れるフォルダを作ります。ここではemmet-settingsという名前で作るとします。

2.preferences.jsonを作る

フォルダの中にpreferences.jsonというファイル名でjsonファイルを作成します。

{
  "caniuse.enabled": false,
  "css.autoInsertVendorPrefixes": "false"
}

ファイルに上記のコードを記述し、保存します。ここで注意したいのが、"caniuse.enabled": falseを入力しないと、ベンダープレフィックスなしになりませんでした。"css.autoInsertVendorPrefixes": "false"のみを記述する情報もありましたが、Emmet 1.2.2では両方入れないとダメでした。

3.設定ファイルをemmetで読み込む

Bracketsに戻り、メニューバーから emmet > preferences...をクリックします。

続いて、先ほど作ったフォルダまでのパスを入力します。

4.emmetを再読込

メニューバーから「拡張機能付きでリロード」すれば、設定が反映され完了です。